Отправлено: 04.01.14 16:45. Заголовок: Как построить дендрограмму.

1. Открываем по ссылке http://www.mymcgee.com/tools/yutility.html?mode=ftdna_mode
2. В открывшемся окне, слева под заголовком СОЗДАНИЕ ТАБЛИЦ убираем галочки, кроме TMRCA иGenerate PHYLIP data.
3. Вероятность ставим 95%.
4. Частоту мутаций среднее значение const 0,0022, или другой вариант FTDNA , McDonald' на усмотрение.

5. Под заголовком: Вставьте гаплотип окно в которую нужно вставить интересующие гаплотипы.

6. Но прежде нужно подготовить гаплотипы:

(проще всего в http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/ открыть сравнение гаплотипов, занести интересуюшие гаплотипы и скопировать их в
Microsoft Excel убрать все кроме № кита и str

290524 13 25 15 11 11 14 12 12 11 12 11 30...
290254 13 25 15 11 11 14 12 12 10 12 11 29...
"очищенные" гаплотипы копируете и заносите в окно Вставьте гаплотип
7. Нажимаем выполнить жмем ОК и таблица готова, вернее две, копируем нижнюю и переходим к Mega6.05



8. Скачиваем MEGA6.05_setup (1).exe по ссылке http://update.megasoftware.net/MEGA6.05_setup.exe.
9. Создаем на рабочем столе текстовый документ (на раб. столе правую клавишу мышки - создать-текстовый документ) переименовываем текст. док. в 1
9-а. Скачиваем и устанавливаем на диск С Philip-3.695 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
10. Жмем пуск - компьютер - диск С - Philip-3.695 - exe в открывшееся окно курсором мышки перетаскиваем с рабочего стола текстовый документ 1.
11. Открываем текст. док. 1 заносим таблицу (п.7) и сохраняем.
12. Открываем в том же окне fitch - набираем 1.txt - жмем ок -j-ок -9 -ок -11 -ок - Y -ок.
13. Чуть ниже в том же окне появиться файл outree - переименовать и к outree допишем .tre получиться outree.tre -ок открываем outree.tre
и все, дерево готово.

Перед каждым построением дерева удаляю старые outree.tre и outfile иначе показывает ошибку.

 Отправлено: 28.01.14 11:35. Заголовок: Спасибо Атлы http://..

Спасибо Атлы

Начну осваивать.

 Отправлено: 28.01.14 11:59. Заголовок: Amigo пишет: Начну ..

Amigo пишет:

цитата:

Начну осваивать.

Амиго, всегда пожалуйста , напиши если будут проблемы.

 Отправлено: 04.08.14 10:15. Заголовок: Вопросы по мануалу

Уважаемый Atly , есть несколько вопросов по твоему мануалу...
Atly пишет:

цитата:

1. Открываем по ссылке http://www.mymcgee.com/tools/yutility.html?mode=ftdna_mode

Насколько корректно использование бета-версии калькулятора?
Atly пишет:

цитата:

4. Частоту мутаций const 0.0022.

Чем обосновано именно это значение а не, например, "FTDNA 0.004..0.0075"?

Применительно к карачаевцам какое значение возраста поколения лучше использовать - 25,30 лет или другое значение?
Atly пишет:

цитата:

10. Жмем пуск - компьютер - диск С - Philip-3.695 - exe в открывшееся окно курсором мышки перетаскиваем с рабочего стола текстовый документ 1.

Неясно, что такое "Philip-3.695", я так понял 10-й пункт описывает запуск MEGA 6.05



Atly пишет:

цитата:

12. Открываем в том же окне fitch - набираем 1.txt - жмем ок -j-ок -9 -ок -11 -ок - Y -ок. 13. Чуть ниже в том же окне появиться файл outree - наводим курсор, жмем правую клавишу мыши - переименовать и к outree допишем .tre получиться outree.tre -ок и все, дерево готово

По этим пунктам вообще ничего непонятно....
Облазил все пункты меняю, интуитивно-непонятным методом попытался построить дерево, но увы...

 Отправлено: 04.08.14 10:37. Заголовок: Сары пишет Применит..

Сары пишет

цитата:

Применительно к карачаевцам какое значение возраста поколения лучше использовать - 25,30 лет или другое значение?

лет 30 наверно, т.к. женились у нас не очень рано и имели много детей. Младшие сыновья вообще могли быть когда отцу за сорок, старшие 20 с лишним. Ну 30 думаю в самый раз в среднем.

 Отправлено: 04.08.14 14:01. Заголовок: Есть косяк http://al..

Есть косяк добавил пункт 9-а, надо установить Philip-3.695.


По использованию тех или других версий программы Y-Utility - надо разбираться, думаю большой разницы нет.
Скорости мутаций можно пробовать на разных вариантах, результат примерно одинаковый.
Эти скорости рассчитаны на поколение равное 30 годам, если менять поколение, то надо менять и скорость мутаций,
поэтому смысла в изменении возраста нет, это величина постоянная бери хоть 10 хоть 60 лет за поколение.

 Отправлено: 04.08.14 17:03. Заголовок: Atly пишет: 12. Отк..

Atly пишет:

цитата:

12. Открываем в том же окне fitch - набираем 1.txt - жмем ок -j-ок -9 -ок -11 -ок - Y -ок.

Что не так?
Кстати, а что это за параметры J 9 11? Может в них причина ошибки?
Input file , то бишь 1.txt прилагаю...

 Отправлено: 04.08.14 18:26. Заголовок: Всё, разобрался......

Всё, разобрался....
Важные замечания к мануалу.
1. Файл 1.txt должен ОБЯЗАТЕЛЬНО находится в одной папке с программой fitch.exe
2. Пункт 2 следует читать:

цитата:

"В открывшемся окне, слева под заголовком "Generate Tables" убираем галочки, кроме TMRCA и Generate PHYLIP data".

Именно тогда во всплывающем окошке браузера появится таблица "PHYLIP compatible TMRCA table" содержимое которой в полном объеме и нужно копировать в пустой файл 1.txt.
3. Новая версия web-калькулятора Y-Utility работает, правда и результат немного отличается от предыдущей версии.
4. При использовании параметра "Mutation Rate = FTDNA" собственно сам этот параметр становится плавающим (см. табл. "Setup Data") в зависимости от маркера, что субъективно более точно отразилось на вычислениях...

 Отправлено: 04.08.14 18:46. Заголовок: Сары пишет: Что не ..

Сары пишет:

цитата:

Что не так? Кстати, а что это за параметры J 9 11? Может в них причина ошибки? Input file , то бишь 1.txt прилагаю...

J 9 11 это поправки на возвратные мутации и др.
То что у тебя в текстовом документе 1 должно быть занесено в окно под Paste haplotype rows here (without marker headers):
предварительно нужно убрать тире кавычки и пр.
Удобнее в екселе один маркер одна ячейка не должно быть 12-14-15-16 или 35-39 в одной ячейке.
В первом столбце номер кита дальше по порядку str-ы.
Копируй составленную таблицу и в окно под Paste haplotype rows here (without marker headers):
нажмешь Execute всплывет окно нажми ок откроется новое окно и внизу этого окна будет PHYLIP compatible TMRCA table
чуть ниже таблица:
12
modal 0 900 1020 1260 1500 1140 1380 780 1020 900 1260 900
277360Abae 900 0 1260 1260 1770 1650 1380 1260 1380 1260 1380 1380
309709Tokh 1020 1260 0 1500 1650 1380 1500 1380 1650 1500 2010 1650
247851Bash 1260 1260 1500 0 1890 1770 1500 1650 1380 1500 1770 1770
321258Karc 1500 1770 1650 1890 0 660 1260 1650 1770 1650 1770 1890
321260Sarb 1140 1650 1380 1770 660 0 1260 1650 1770 1650 1650 1770
321253Misa 1380 1380 1500 1500 1260 1260 0 1650 1770 1500 1890 1770
321263Ayda 780 1260 1380 1650 1650 1650 1650 0 780 780 1500 1140
291808Karm 1020 1380 1650 1380 1770 1770 1770 780 0 540 1260 1140
321256Dzha 900 1260 1500 1500 1650 1650 1500 780 540 0 1140 1020
294587Katc 1260 1380 2010 1770 1770 1650 1890 1500 1260 1140 0 1020
275622Khub 900 1380 1650 1770 1890 1770 1770 1140 1140 1020 1020 0


ее и заноси в текстовый документ 1

 Отправлено: 05.08.14 10:29. Заголовок: Еще один мануал по п..

Еще один мануал по построению филогенетического древа от Молгена
http://forum.molgen.org/index.php/topic,19.0.html

 Отправлено: 05.08.14 10:32. Заголовок: И еще один мануал по..

И еще один мануал построения с помощью проги MURKA
http://e1b1.org/rforum/viewtopic.php?f=7&t=80

 Отправлено: 06.08.14 10:13. Заголовок: Первые " впечатл..

Первые впечатления "чайника" от установки и "работы" древостроитльных программ PHILIP и MURKA:
Общий алгоритм работы с прогами примерно схож - вытаскиваются исходные данные и конвертируются в нужный формат, затем производятся сами вычисления и результат выводится через графический формат.
Но это в общем. В частности, конечно же нюансов установки достаточно и, если в ФИЛИПЕ особой "квалификации" не нужно, то с МУРКОЙ уже очень желателен навык работы в командной строке...
К сожалению одного лишь технического осознания как все это "хозяйство" работает недостаточно, и тут, увы нужны более глубокие теоретические познания ДНК-генеалогии , особенно в МУРКЕ (набор ключей командной строки впечатляет - видно автор этой проги действительно профи в своем деле). Понятно что алгоритмы расчета в PHILIP и MURKA разные, но почему-то деревья при одних и тех же вводных данных получаются уж совершенно разные. И если топология древа расчитанная в ФИЛИПЕ как то похожа на известную топологию генеалогического древа, то в МУРКЕ топологий несколько и все они совершенно произвольные, хотя самих данных (в коих простой обыватель ни-ни) выводится очень много - красиво и непонятно
Поэтому для себя решил, лучше начать с простого, т.е. Филипа и Меги, хотя и тут сразу вопросов конечно же возникает куча, например, почему ветви исходящие от общего предка имеют разный возраст и или ветвь с более длинным возрастом "вложена" в более "короткую", от чего логика как-то теряется? По какому признаку ветви группируются и т.д.? Понимаю, что прежде чем задавать "идиотские" вопросы, конечно же нужно "поглубже" подсесть в эту тему, но ничем не отличаясь от простого смертного хочется "всего много, здесь и сразу".

 Отправлено: 06.08.14 15:23. Заголовок: Насколько я понимаю ..

Насколько я понимаю есть несколько моментов, которые влияют на возраст отдельных гаплотипов.
- невозможность точно определить модальный гаплотип
- случайность мутаций
- разная скорость мутаций на маркерах
- гомоплазия
Немножко дорогой, но верный способ построения дерева это исследование Y-DNA компанией Full Genomes или Big-Y от Ftdna.
По снипам строится дерево, а по STR рассчитывается возраст общего предка веток и гаплотипов.
Вот к примеру дерево z2123 от YFull
http://yfull.com/tree/R-Z2123/

 Отправлено: 06.10.16 21:18. Заголовок: Салам Алейкум! Я т..

Салам Алейкум!

Я только начал интересоваться этой темой, поэтому у меня есть несколько вопросов. Буду признателен, если у Вас найдется время ответить на них. Суть вопроса в следующем:

При построении дендрограммы по выше указанной инструкции, за которую отдельное спасибо автору, у меня возник вопрос по поводу участие на древе "модального" гаплотиппа. Не совсем понятно для чего он там нужен? Ведь, как я понимаю, он ошибочно принимается программой за "предковый", что не есть правильно. В связи с этим, я попытался просто-напросто удалить его, но, как вы понимаете, проблемы это не решило, ибо программа стала ругать и вовсе отказалась строить древо.

В сети часто встречал подобные деревья, на которых модального гаплотиппа не было, но как подобное происходит с технической точки зрения пока не могу понять.

 Отправлено: 06.10.16 21:47. Заголовок: И еще один вопрос. У..

И еще один вопрос. Умеет ли данная программа считать возраст? Если да, то каким образом заставить ее это делать?)))

 Отправлено: 07.10.16 21:39. Заголовок: IK пишет: Салам Але..

IK пишет:

цитата:

Салам Алейкум! Я только начал интересоваться этой темой, поэтому у меня есть несколько вопросов. Буду признателен, если у Вас найдется время ответить на них. Суть вопроса в следующем: При построении дендрограммы по выше указанной инструкции, за которую отдельное спасибо автору, у меня возник вопрос по поводу участие на древе "модального" гаплотиппа. Не совсем понятно для чего он там нужен? Ведь, как я понимаю, он ошибочно принимается программой за "предковый", что не есть правильно. В связи с этим, я попытался просто-напросто удалить его, но, как вы понимаете, проблемы это не решило, ибо программа стала ругать и вовсе отказалась строить древо. В сети часто встречал подобные деревья, на которых модального гаплотиппа не было, но как подобное происходит с технической точки зрения пока не могу понять.

Алейкум Салам!
Да можно не обращать внимание на модал.
Если построил дендограмму, то слева панель инструментов, можно выделить любой участок дендограммы без модала, там же фунция определения возраста отдельных гаплотипов или веток как сумма возрастов составляющих ветку гаплотипов.

 Отправлено: 08.10.16 11:10. Заголовок: Atly пишет: Если по..

Atly пишет:

цитата:

Если построил дендограмму, то слева панель инструментов, можно выделить любой участок дендограммы без модала, там же фунция определения возраста отдельных гаплотипов или веток как сумма возрастов составляющих ветку гаплотипов.

С модальным разобрался, сау бол. Теперь меня мучает вопрос с возрастами, уж очень странные числа получаются, типа, 23.7 и это у самого корня древа почти С эти числом никаких махинаций проводить не нужно случайно?

 Отправлено: 08.10.16 17:37. Заголовок: IK пишет: С модальн..

IK пишет:

цитата:

С модальным разобрался, сау бол. Теперь меня мучает вопрос с возрастами, уж очень странные числа получаются, типа, 23.7 и это у самого корня древа почти С эти числом никаких махинаций проводить не нужно случайно?

можно менять скорость мутаций
Constant: 0.0024
и точность расчета Probability 95%

Таблица в помощь
Таблица расчета времени жизни
общего предка для двух гаплотипов http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?act=attach&type=post&id=1021
Если не получится, скинь № гаплотипов посмотрим что выйдет.

 Отправлено: 08.10.16 20:15. Заголовок: Atly пишет: Таблица..

Atly пишет:

цитата:

Таблица расчета времени жизни общего предка для двух гаплотипов

С этим более менее знаком. Меня больше интересует расчет по кластерам, если я правильно выразился. То есть время жизни общего предка, допустим, двух веток состоящих из нескольких гаплотиппов, как в таком случае высчитывают возраст?

Для примера приведу древо по нашим R1a, которое выкладывал И.Рожанский. Вот меня, собственно, вычисление этих датировок интересует. Как, например, считался ВОБ для Гергокова и остальной ветки наших гаплотиппов?

 Отправлено: 09.10.16 09:59. Заголовок: IK пишет: С этим бо..

IK пишет:

цитата:

С этим более менее знаком. Меня больше интересует расчет по кластерам, если я правильно выразился. То есть время жизни общего предка, допустим, двух веток состоящих из нескольких гаплотиппов, как в таком случае высчитывают возраст? Для примера приведу древо по нашим R1a, которое выкладывал И.Рожанский. Вот меня, собственно, вычисление этих датировок интересует. Как, например, считался ВОБ для Гергокова и остальной ветки наших гаплотиппов?

Для разных кластеров эта программа не годится, есть программы с возможностью выделение отдельных кластеров, но
по возрастам таких кластеров или субкладов лучше ориентироваться на снипы.