Отправлено: 04.01.14 16:45. Заголовок: Как построить дендрограмму.
1. Открываем по ссылке http://www.mymcgee.com/tools/yutility.html?mode=ftdna_mode 2. В открывшемся окне, слева под заголовком СОЗДАНИЕ ТАБЛИЦ убираем галочки, кроме TMRCA иGenerate PHYLIP data. 3. Вероятность ставим 95%. 4. Частоту мутаций среднее значение const 0,0022, или другой вариант FTDNA , McDonald' на усмотрение.
5. Под заголовком: Вставьте гаплотип окно в которую нужно вставить интересующие гаплотипы.
6. Но прежде нужно подготовить гаплотипы:
(проще всего вhttp://www.semargl.me/ru/dna/ydna/ открыть сравнение гаплотипов, занести интересуюшие гаплотипы и скопировать их в Microsoft Excel убрать все кроме № кита и str
290524 13 25 15 11 11 14 12 12 11 12 11 30... 290254 13 25 15 11 11 14 12 12 10 12 11 29... "очищенные" гаплотипы копируете и заносите в окно Вставьте гаплотип 7. Нажимаем выполнить жмем ОК и таблица готова, вернее две, копируем нижнюю и переходим к Mega6.05
8. Скачиваем MEGA6.05_setup (1).exe по ссылкеhttp://update.megasoftware.net/MEGA6.05_setup.exe. 9. Создаем на рабочем столе текстовый документ (на раб. столе правую клавишу мышки - создать-текстовый документ) переименовываем текст. док. в 1 9-а. Скачиваем и устанавливаем на диск С Philip-3.695 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html 10. Жмем пуск - компьютер - диск С - Philip-3.695 - exe в открывшееся окно курсором мышки перетаскиваем с рабочего стола текстовый документ 1. 11. Открываем текст. док. 1 заносим таблицу (п.7) и сохраняем. 12. Открываем в том же окне fitch - набираем 1.txt - жмем ок -j-ок-9 -ок -11 -ок - Y -ок. 13. Чуть ниже в том же окне появиться файл outree - переименовать и к outree допишем .tre получиться outree.tre -ок открываем outree.tre и все, дерево готово.
Перед каждым построением дерева удаляю старые outree.tre и outfile иначе показывает ошибку.
Чем обосновано именно это значение а не, например, "FTDNA 0.004..0.0075"?
Применительно к карачаевцам какое значение возраста поколения лучше использовать - 25,30 лет или другое значение? Atly пишет:
цитата:
10. Жмем пуск - компьютер - диск С - Philip-3.695 - exe в открывшееся окно курсором мышки перетаскиваем с рабочего стола текстовый документ 1.
Неясно, что такое "Philip-3.695", я так понял 10-й пункт описывает запуск MEGA 6.05
Atly пишет:
цитата:
12. Открываем в том же окне fitch - набираем 1.txt - жмем ок -j-ок -9 -ок -11 -ок - Y -ок. 13. Чуть ниже в том же окне появиться файл outree - наводим курсор, жмем правую клавишу мыши - переименовать и к outree допишем .tre получиться outree.tre -ок и все, дерево готово
По этим пунктам вообще ничего непонятно.... Облазил все пункты меняю, интуитивно-непонятным методом попытался построить дерево, но увы...
Отправлено: 04.08.14 10:37. Заголовок: Сары пишет Применит..
Сары пишет
цитата:
Применительно к карачаевцам какое значение возраста поколения лучше использовать - 25,30 лет или другое значение?
лет 30 наверно, т.к. женились у нас не очень рано и имели много детей. Младшие сыновья вообще могли быть когда отцу за сорок, старшие 20 с лишним. Ну 30 думаю в самый раз в среднем.
Отправлено: 04.08.14 14:01. Заголовок: Есть косяк http://al..
Есть косяк добавил пункт 9-а, надо установить Philip-3.695.
По использованию тех или других версий программы Y-Utility - надо разбираться, думаю большой разницы нет. Скорости мутаций можно пробовать на разных вариантах, результат примерно одинаковый. Эти скорости рассчитаны на поколение равное 30 годам, если менять поколение, то надо менять и скорость мутаций, поэтому смысла в изменении возраста нет, это величина постоянная бери хоть 10 хоть 60 лет за поколение.
Всё, разобрался.... Важные замечания к мануалу. 1. Файл 1.txt должен ОБЯЗАТЕЛЬНО находится в одной папке с программой fitch.exe 2. Пункт 2 следует читать:
цитата:
"В открывшемся окне, слева под заголовком "Generate Tables" убираем галочки, кроме TMRCA и Generate PHYLIP data".
Именно тогда во всплывающем окошке браузера появится таблица "PHYLIP compatible TMRCA table" содержимое которой в полном объеме и нужно копировать в пустой файл 1.txt. 3. Новая версия web-калькулятора Y-Utility работает, правда и результат немного отличается от предыдущей версии. 4. При использовании параметра "Mutation Rate = FTDNA" собственно сам этот параметр становится плавающим (см. табл. "Setup Data") в зависимости от маркера, что субъективно более точно отразилось на вычислениях...
Отправлено: 06.08.14 10:13. Заголовок: Первые " впечатл..
Первые впечатления "чайника" от установки и "работы" древостроитльных программ PHILIP и MURKA: Общий алгоритм работы с прогами примерно схож - вытаскиваются исходные данные и конвертируются в нужный формат, затем производятся сами вычисления и результат выводится через графический формат. Но это в общем. В частности, конечно же нюансов установки достаточно и, если в ФИЛИПЕ особой "квалификации" не нужно, то с МУРКОЙ уже очень желателен навык работы в командной строке... К сожалению одного лишь технического осознания как все это "хозяйство" работает недостаточно, и тут, увы нужны более глубокие теоретические познания ДНК-генеалогии , особенно в МУРКЕ (набор ключей командной строки впечатляет - видно автор этой проги действительно профи в своем деле). Понятно что алгоритмы расчета в PHILIP и MURKA разные, но почему-то деревья при одних и тех же вводных данных получаются уж совершенно разные. И если топология древа расчитанная в ФИЛИПЕ как то похожа на известную топологию генеалогического древа, то в МУРКЕ топологий несколько и все они совершенно произвольные, хотя самих данных (в коих простой обыватель ни-ни) выводится очень много - красиво и непонятно Поэтому для себя решил, лучше начать с простого, т.е. Филипа и Меги, хотя и тут сразу вопросов конечно же возникает куча, например, почему ветви исходящие от общего предка имеют разный возраст и или ветвь с более длинным возрастом "вложена" в более "короткую", от чего логика как-то теряется? По какому признаку ветви группируются и т.д.? Понимаю, что прежде чем задавать "идиотские" вопросы, конечно же нужно "поглубже" подсесть в эту тему, но ничем не отличаясь от простого смертного хочется "всего много, здесь и сразу".
Отправлено: 06.08.14 15:23. Заголовок: Насколько я понимаю ..
Насколько я понимаю есть несколько моментов, которые влияют на возраст отдельных гаплотипов. - невозможность точно определить модальный гаплотип - случайность мутаций - разная скорость мутаций на маркерах - гомоплазия Немножко дорогой, но верный способ построения дерева это исследование Y-DNA компанией Full Genomes или Big-Y от Ftdna. По снипам строится дерево, а по STR рассчитывается возраст общего предка веток и гаплотипов. Вот к примеру дерево z2123 от YFull http://yfull.com/tree/R-Z2123/
Отправлено: 06.10.16 21:18. Заголовок: Салам Алейкум! Я т..
Салам Алейкум!
Я только начал интересоваться этой темой, поэтому у меня есть несколько вопросов. Буду признателен, если у Вас найдется время ответить на них. Суть вопроса в следующем:
При построении дендрограммы по выше указанной инструкции, за которую отдельное спасибо автору, у меня возник вопрос по поводу участие на древе "модального" гаплотиппа. Не совсем понятно для чего он там нужен? Ведь, как я понимаю, он ошибочно принимается программой за "предковый", что не есть правильно. В связи с этим, я попытался просто-напросто удалить его, но, как вы понимаете, проблемы это не решило, ибо программа стала ругать и вовсе отказалась строить древо.
В сети часто встречал подобные деревья, на которых модального гаплотиппа не было, но как подобное происходит с технической точки зрения пока не могу понять.
Отправлено: 07.10.16 21:39. Заголовок: IK пишет: Салам Але..
IK пишет:
цитата:
Салам Алейкум!
Я только начал интересоваться этой темой, поэтому у меня есть несколько вопросов. Буду признателен, если у Вас найдется время ответить на них. Суть вопроса в следующем:
При построении дендрограммы по выше указанной инструкции, за которую отдельное спасибо автору, у меня возник вопрос по поводу участие на древе "модального" гаплотиппа. Не совсем понятно для чего он там нужен? Ведь, как я понимаю, он ошибочно принимается программой за "предковый", что не есть правильно. В связи с этим, я попытался просто-напросто удалить его, но, как вы понимаете, проблемы это не решило, ибо программа стала ругать и вовсе отказалась строить древо.
В сети часто встречал подобные деревья, на которых модального гаплотиппа не было, но как подобное происходит с технической точки зрения пока не могу понять.
Алейкум Салам! Да можно не обращать внимание на модал. Если построил дендограмму, то слева панель инструментов, можно выделить любой участок дендограммы без модала, там же фунция определения возраста отдельных гаплотипов или веток как сумма возрастов составляющих ветку гаплотипов.
Отправлено: 08.10.16 11:10. Заголовок: Atly пишет: Если по..
Atly пишет:
цитата:
Если построил дендограмму, то слева панель инструментов, можно выделить любой участок дендограммы без модала, там же фунция определения возраста отдельных гаплотипов или веток как сумма возрастов составляющих ветку гаплотипов.
С модальным разобрался, сау бол. Теперь меня мучает вопрос с возрастами, уж очень странные числа получаются, типа, 23.7 и это у самого корня древа почти С эти числом никаких махинаций проводить не нужно случайно?
Отправлено: 08.10.16 17:37. Заголовок: IK пишет: С модальн..
IK пишет:
цитата:
С модальным разобрался, сау бол. Теперь меня мучает вопрос с возрастами, уж очень странные числа получаются, типа, 23.7 и это у самого корня древа почти С эти числом никаких махинаций проводить не нужно случайно?
можно менять скорость мутаций Constant: 0.0024 и точность расчета Probability 95%
Отправлено: 08.10.16 20:15. Заголовок: Atly пишет: Таблица..
Atly пишет:
цитата:
Таблица расчета времени жизни общего предка для двух гаплотипов
С этим более менее знаком. Меня больше интересует расчет по кластерам, если я правильно выразился. То есть время жизни общего предка, допустим, двух веток состоящих из нескольких гаплотиппов, как в таком случае высчитывают возраст?
Для примера приведу древо по нашим R1a, которое выкладывал И.Рожанский. Вот меня, собственно, вычисление этих датировок интересует. Как, например, считался ВОБ для Гергокова и остальной ветки наших гаплотиппов?
Отправлено: 09.10.16 09:59. Заголовок: IK пишет: С этим бо..
IK пишет:
цитата:
С этим более менее знаком. Меня больше интересует расчет по кластерам, если я правильно выразился. То есть время жизни общего предка, допустим, двух веток состоящих из нескольких гаплотиппов, как в таком случае высчитывают возраст?
Для примера приведу древо по нашим R1a, которое выкладывал И.Рожанский. Вот меня, собственно, вычисление этих датировок интересует. Как, например, считался ВОБ для Гергокова и остальной ветки наших гаплотиппов?
Для разных кластеров эта программа не годится, есть программы с возможностью выделение отдельных кластеров, но по возрастам таких кластеров или субкладов лучше ориентироваться на снипы.
Все даты в формате GMT
3 час. Хитов сегодня: 34
Права: смайлы да, картинки да, шрифты да, голосования нет
аватары да, автозамена ссылок вкл, премодерация откл, правка нет