On-line: гостей 1. Всего: 1 [подробнее..]
Форум об аланах, скифах и иных древних народах, оказавших влияние на этногенез народов Северного Кавказа

АвторСообщение
moderator




Сообщение: 1934
Зарегистрирован: 04.08.09
Откуда: Turkey
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 04.03.15 22:36. Заголовок: Математика ДНК Генеалогии


Ас салам алейкум джамагъат),

Давно хотел создать эту тему, давайте наконец разберемся в математике ДНК генеалогии.
А также потренироваться под пристальным вниманием наших "гуру" Тимура, Атлы и тех кто умеет еще считать)).
Обсуждение в фейсе с Хамзой натолкнуло создать эту тему. Если честно столько лет тут сидим обсуждаем, но никак руки не доходили взяться серьезно и научится таки считать, совесть мучает перед самим собой - все таки расчеты мне мягко говоря не чужая область)).
Но лучше поздно, чем никогда!

На сегодня, как я заметил, есть ряд разных формул, со своими константами, большинство близких друг к другу, но все таки разных. Используются произвольно разными любителями и-или исследователями.

1) Какая методика расчета общего предка по У-ДНК на сегодня наилучшим образом себя зарекомендовала и обоснованна? Предполагаю все те же, которыми пользуется И. Рожанский/А. Клесов/Адамов?
Если можно ссылку или кратко описание формулы. Мы попробуем на наших гаплотипах и поспрашиваем).

2) Какие есть методики в научном мире и чем отличаются от формул из 1го вопроса?

Исходя из новых данных БИГ У и ФуллСиквенсов, в голове такой алгоритм: проверка на снип, если есть общий снип в одном субкладе, тогда уже расчет по СТР и мутациям, верна ли логика, какие дополнения?

3) какие есть программы автоматического расчета общих предков (с или без учета снипов)?

"Воистину, Аллах не меняет положения людей, пока они не изменят самих себя" (Коран, 13/11). Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
Ответов - 13 [только новые]


администратор




Сообщение: 8286
Зарегистрирован: 15.06.09
Откуда: ниоткуда
Репутация: 4
ссылка на сообщение  Отправлено: 04.03.15 23:03. Заголовок: Очень важная тема! h..


Очень важная тема!

Карачаево-балкарский ДНК-проект: http://www.familytreedna.com/public/KBalkarDNA/default.aspx?section=yresults

Базы данных:
http://www.ysearch.org/
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/
Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
moderator




Сообщение: 1936
Зарегистрирован: 04.08.09
Откуда: Turkey
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 05.03.15 20:36. Заголовок: Есть такая формула о..


Вот такую формулу мне скинули от Хусейна Чокаева:

Если два 37-маркерных гаплотипа: число мутаций N делим на 74, делим 0,003 и умножаем на 25 лет
Ниже даются константы:
12 - 0,00142
25 - 0 ,00257
37 - 0 ,003
67 - 0,0023 .
Все по тому же алгоритму для 67 маркеров берут коэффициент 0,0023. Количество мутаций делим на 134 (67х2), снова делим 0,0023 и умножаем на 25.


"Воистину, Аллах не меняет положения людей, пока они не изменят самих себя" (Коран, 13/11). Спасибо: 1 
ПрофильЦитата Ответить
администратор




Сообщение: 8287
Зарегистрирован: 15.06.09
Откуда: ниоткуда
Репутация: 4
ссылка на сообщение  Отправлено: 05.03.15 23:14. Заголовок: Для нас, всё же, нуж..


Для нас, всё же, нужно умножать на 30 лет!

Карачаево-балкарский ДНК-проект: http://www.familytreedna.com/public/KBalkarDNA/default.aspx?section=yresults

Базы данных:
http://www.ysearch.org/
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/
Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
постоянный участник


Сообщение: 429
Зарегистрирован: 13.10.13
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 09:00. Заголовок: Цитата(Igor1961 ..


Мне удобнее считать по таблице предложенной Игорем Львовичем.


ТАБЛИЦА




Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
администратор




Сообщение: 8291
Зарегистрирован: 15.06.09
Откуда: ниоткуда
Репутация: 4
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 11:33. Заголовок: Atly пишет: Мне удо..


Atly пишет:

 цитата:
Мне удобнее считать по таблице предложенной Игорем Львовичем. ТАБЛИЦА


Не могу сейчас зайти в "Родство", так как забыл пароль... Где-то в другом месте нет этой таблицы?

Карачаево-балкарский ДНК-проект: http://www.familytreedna.com/public/KBalkarDNA/default.aspx?section=yresults

Базы данных:
http://www.ysearch.org/
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/
Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
moderator




Сообщение: 1937
Зарегистрирован: 04.08.09
Откуда: Turkey
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 12:06. Заголовок: Вот таблица в виде с..


Вот таблица в виде скриншота.


"Воистину, Аллах не меняет положения людей, пока они не изменят самих себя" (Коран, 13/11). Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
moderator




Сообщение: 1938
Зарегистрирован: 04.08.09
Откуда: Turkey
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 12:06. Заголовок: Продолжение: http:/..


Продолжение:


"Воистину, Аллах не меняет положения людей, пока они не изменят самих себя" (Коран, 13/11). Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
администратор




Сообщение: 8296
Зарегистрирован: 15.06.09
Откуда: ниоткуда
Репутация: 4
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 12:38. Заголовок: Почему такая разница..


Почему такая разница между двумя системами подсчета? Если в первом случае между мной и Сапаром Катчиевым (результат которого в нашем проекте) около 300-350 лет, то по таблице Рожанского - 425 лет. Первый результат, по-моему, более правильный. Или результат по Рожанскому нужно делить на 2?

Карачаево-балкарский ДНК-проект: http://www.familytreedna.com/public/KBalkarDNA/default.aspx?section=yresults

Базы данных:
http://www.ysearch.org/
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/
Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
постоянный участник


Сообщение: 430
Зарегистрирован: 13.10.13
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 12:56. Заголовок: Albert пишет: Или ..


Albert пишет:

 цитата:
Или результат по Рожанскому нужно делить на 2?


Верно, надо делить на два.

Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
администратор




Сообщение: 8298
Зарегистрирован: 15.06.09
Откуда: ниоткуда
Репутация: 4
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 15:37. Заголовок: Atly пишет: Верно, ..


Atly пишет:

 цитата:
Верно, надо делить на два.

Тогда 212,5 лет чуть маловато будет, наверное.

Карачаево-балкарский ДНК-проект: http://www.familytreedna.com/public/KBalkarDNA/default.aspx?section=yresults

Базы данных:
http://www.ysearch.org/
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/
Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить





Сообщение: 28
Зарегистрирован: 09.05.14
Репутация: 1
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 22:15. Заголовок: Новый калькулятор ВБОП с возможностью построения филодерева на сайте SEMARGL.ME


Обсуждение на молгене
http://forum.molgen.org/index.php/topic,6579.0.html
Сам калькулятор
http://www.semargl.me/tools/build-tree-and-asd-pairs/
Вот еще по теме
http://forum.molgen.org/index.php/board,49.0.html
И еще парочка калькуляторов
http://www.mymcgee.com/tools/yutility111.html
http://ehelix.pythonanywhere.com/

Истина всегда где-то рядом... Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
постоянный участник


Сообщение: 1972
Зарегистрирован: 20.05.10
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 06.03.15 23:13. Заголовок: Сравнение двух гапло..


Сравнение двух гаплотипов – это всегда большая погрешность. Если вы заметили, когда появляется новый результат, я в первую очередь пишу «близок тому, близок этому». Ориентировочный возраст между 2 гаплотипами я оцениваю интуитивно, положившись на некоторый опыт и учитывая географическую удаленность, фамильные предания и т.д.

А так, конечно, можно поиграться с калькуляторами, ссылки на которые привел Сары.


Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
постоянный участник


Сообщение: 433
Зарегистрирован: 13.10.13
Репутация: 3
ссылка на сообщение  Отправлено: 07.03.15 08:12. Заголовок: Albert пишет: Тогда..


Albert пишет:

 цитата:
Тогда 212,5 лет чуть маловато будет, наверное.



Погрешность 25%.

Спасибо: 0 
ПрофильЦитата Ответить
Ответ:
1 2 3 4 5 6 7 8 9
большой шрифт малый шрифт надстрочный подстрочный заголовок большой заголовок видео с youtube.com картинка из интернета картинка с компьютера ссылка файл с компьютера русская клавиатура транслитератор  цитата  кавычки моноширинный шрифт моноширинный шрифт горизонтальная линия отступ точка LI бегущая строка оффтопик свернутый текст

показывать это сообщение только модераторам
не делать ссылки активными
Имя, пароль:      зарегистрироваться    
Тему читают:
- участник сейчас на форуме
- участник вне форума
Все даты в формате GMT  3 час. Хитов сегодня: 48
Права: смайлы да, картинки да, шрифты да, голосования нет
аватары да, автозамена ссылок вкл, премодерация откл, правка нет