Отправлено: 04.03.15 22:36. Заголовок: Математика ДНК Генеалогии
Ас салам алейкум джамагъат),
Давно хотел создать эту тему, давайте наконец разберемся в математике ДНК генеалогии. А также потренироваться под пристальным вниманием наших "гуру" Тимура, Атлы и тех кто умеет еще считать)). Обсуждение в фейсе с Хамзой натолкнуло создать эту тему. Если честно столько лет тут сидим обсуждаем, но никак руки не доходили взяться серьезно и научится таки считать, совесть мучает перед самим собой - все таки расчеты мне мягко говоря не чужая область)). Но лучше поздно, чем никогда!
На сегодня, как я заметил, есть ряд разных формул, со своими константами, большинство близких друг к другу, но все таки разных. Используются произвольно разными любителями и-или исследователями.
1) Какая методика расчета общего предка по У-ДНК на сегодня наилучшим образом себя зарекомендовала и обоснованна? Предполагаю все те же, которыми пользуется И. Рожанский/А. Клесов/Адамов? Если можно ссылку или кратко описание формулы. Мы попробуем на наших гаплотипах и поспрашиваем).
2) Какие есть методики в научном мире и чем отличаются от формул из 1го вопроса?
Исходя из новых данных БИГ У и ФуллСиквенсов, в голове такой алгоритм: проверка на снип, если есть общий снип в одном субкладе, тогда уже расчет по СТР и мутациям, верна ли логика, какие дополнения?
3) какие есть программы автоматического расчета общих предков (с или без учета снипов)?
Отправлено: 05.03.15 20:36. Заголовок: Есть такая формула о..
Вот такую формулу мне скинули от Хусейна Чокаева:
Если два 37-маркерных гаплотипа: число мутаций N делим на 74, делим 0,003 и умножаем на 25 лет Ниже даются константы: 12 - 0,00142 25 - 0 ,00257 37 - 0 ,003 67 - 0,0023 . Все по тому же алгоритму для 67 маркеров берут коэффициент 0,0023. Количество мутаций делим на 134 (67х2), снова делим 0,0023 и умножаем на 25.
Отправлено: 06.03.15 12:38. Заголовок: Почему такая разница..
Почему такая разница между двумя системами подсчета? Если в первом случае между мной и Сапаром Катчиевым (результат которого в нашем проекте) около 300-350 лет, то по таблице Рожанского - 425 лет. Первый результат, по-моему, более правильный. Или результат по Рожанскому нужно делить на 2?
Отправлено: 06.03.15 23:13. Заголовок: Сравнение двух гапло..
Сравнение двух гаплотипов – это всегда большая погрешность. Если вы заметили, когда появляется новый результат, я в первую очередь пишу «близок тому, близок этому». Ориентировочный возраст между 2 гаплотипами я оцениваю интуитивно, положившись на некоторый опыт и учитывая географическую удаленность, фамильные предания и т.д.
А так, конечно, можно поиграться с калькуляторами, ссылки на которые привел Сары.
Все даты в формате GMT
3 час. Хитов сегодня: 29
Права: смайлы да, картинки да, шрифты да, голосования нет
аватары да, автозамена ссылок вкл, премодерация откл, правка нет